Celotna rešitev mikrobiološkega laboratorija se razlikuje od splošnega laboratorijskega inženiringa ali čistilnega inženiringa glede na varnostne zahteve in zahteve glede uporabe laboratorija.Laboratoriji, ki se večinoma uporabljajo v mikrobiologiji, biomedicini, biokemiji, poskusih na živalih, genski rekombinaciji in bioloških izdelkih, se skupaj imenujejo laboratoriji za biološko varnost.Laboratorij za biološko varnost je sestavljen iz glavnega laboratorija in drugih laboratorijev ter pomožnih prostorov.Laboratoriji za biološko varnost morajo zagotavljati osebno varnost, varnost okolja, varnost odpadkov in vzorcev, dolgoročno in varno delovanje, hkrati pa zagotavljati udobno in dobro delovno okolje za laboratorijsko osebje.
Mikrobiološki laboratorij ima lokalno 100-nivojsko sobo za testiranje bakterij, sobo za testiranje gliv, sobo za patogene preiskave, sobo za pranje in dezinfekcijo, sobo za kulturo plesni, sobo za bakterijsko kulturo in sobo za identifikacijo instrumentov mikroorganizmov, pripravo gojišča. soba, soba za shranjevanje sevov.
